খাশোগিকে হত্যায় মাত্র সাত মিনিট সময় নেওয়া হয় এবং জীবিত অবস্থায় তাকে টুকরো টুকরো করা হয়। একটি অডিও রেকর্ডিংয়ের বরাত দিয়ে তুর্কি সংবাদ মাধ্যম ইয়েনি সাফাক জানায়।  সংবাদে বলা হয়, খাশোগিকে ইস্তাম্বুলের সৌদি  কনস্যুলেটের কনসাল জেনারেলের অফিস থেকে পাশেই একটি পড়ার টেবিলের দিকে নিয়ে যাওয়া হয়। হঠাৎই ঘটনার এক সাক্ষী তার কান্না শুনতে পান। তাকে কোনো রকম জিজ্ঞাসাবাদের চেষ্টা করা হয়নি। খুন করাই ছিল হত্যাকারীদের মূল উদ্দেশ্য এবং তারা তাই করেছেন। 

তুর্কি কর্মকর্তারা জানান, তাদের কাছে একটি অডিও রেকর্ড রয়েছে যাতে ইঙ্গিত পাওয়া গেছে কনস্যুলেট ভবনের ভেতরে এই সাংবাদিককে হত্যা করা হয়েছে। এই প্রমাণ সৌদি আরব ও যুক্তরাষ্ট্রের কাছে পাঠানো হয়েছে। জীবিত থাকা অবস্থায় গবেষণার টেবিলেই খাশোগির শরীর টুকরো করতে শুরু করেন ফরেনসিক প্রধান সালাহ মুহাম্মদ আল-তুউবিগি। এ সময় হেডফোনে গান শুনতে থাকেন তিনি এবং দলের অন্য সদস্যদেরও একই কাজ করতে বলেন। অডিওতে তুউবিগিকে বলতে শোনা গেছে, যখন আমি এই কাজ করি তখন গান শুনি। তোমাদেরও তাই করা উচিত। এ ছাড়া তদন্তকারীরা তদন্তের ব্যাপ্তি বাড়াতে চায়। মঙ্গলবার পুলিশ সৌদি কনসালের বাসভবনে তল্লাশি চালায়। এর আগে তুরস্কের টেলিভিশন চ্যানেলগুলো একটি ভিডিও সম্প্রচার করে, যাতে দেখা যায়, খাশোগি কনস্যুলেট ভবনে প্রবেশের দুই ঘণ্টা পর একটি বড় গাড়ি ভবন থেকে বের হচ্ছে। পরে তা কনসালের বাসভবনে পার্কিং করা অবস্থায় পাওয়া যায়।