স্বাধীনতার পর থেকেই দেশ বিরোধী বিভিন্ন ষড়যন্ত্রের অভিযোগ উঠেছে মাহফুজ আনামের বিরুদ্ধে। এরমধ্যে রয়েছে বঙ্গবন্ধুকন্যা শেখ হাসিনাকে রাজনীতি থেকে সরিয়ে দেয়ার চেষ্টা, একুশে আগস্ট ভয়াবহ গ্রেনেড হামলার কুশীলব, অগণতান্ত্রিক তত্ত্বাবধায়ক সরকারের এজেন্ডা নির্ধারক ও পদ্মাসেতু নিয়ে বিশ্বব্যাপী ষড়যন্ত্র করা। তবে তার কর্মকাণ্ড প্রকাশ পায় ২০০৭ সালে সেনা সমর্থিত তত্ত্বাবধায়ক সরকার ক্ষমতায় এলে। তিনি ছিলেন অগণতান্ত্রিক সরকারের কেন্দ্রে।
অভিযোগ রয়েছে, ১৯৭৫ সালে জাতির পিতা বঙ্গবন্ধু শেখ মুজিবুর রহমানকে সপরিবারে হত্যার পর তার অপতৎপরতা বাড়তে থাকে। বিভিন্ন এনজিও এবং আন্তর্জাতিক সংস্থায় কাজ করার সময় তিনি দেশের বিরোধিতাও করেছেন। আর ১৯৯১ সালে মাহফুজ আনাম যুক্ত হন ইংরেজি দৈনিক দ্য ডেইলি স্টারে। সেই থেকে একের পর এক বঙ্গবন্ধু ও আওয়ামী লীগ বিদ্বেষী প্রপাগান্ডা চালিয়ে আসছেন।
হীন উদ্দেশ্য বাস্তবায়নে বঙ্গবন্ধুকন্যা শেখ হাসিনাকে রাজনীতি থেকে মাইনাসে মিশনে নেমেছিলেন বলেও অভিযোগ রয়েছে। ২০০৭ সালে তত্ত্বাবধায়ক সরকার প্রধান ফখরুদ্দীন আহমদের প্রেস সেক্রেটারি হিসেবে যোগ দেন ডেইলি স্টারের নির্বাহী কর্মকর্তা ফাহিম মোনায়েম। সেসময় গণতান্ত্রিক সরকার ব্যবস্থার বিরুদ্ধে অবস্থান নিয়েছিলো ডেইলি স্টার।
তার বিরুদ্ধে আরো অভিযোগ রয়েছে, তত্ত্বাবধায়ক সরকারকে দীর্ঘমেয়াদে ক্ষমতায় পাকাপোক্ত করতে নানা তৎপরতা চালিয়েছিলেন। সুযোগ বুঝে দেশের দুটি বৃহৎ রাজনৈতিক দলে ভাঙন ধরানোর অপকৌশলে লিপ্ত হন। একইসঙ্গে দেশের প্রায় সব শিল্পপতিকে দুর্নীতির মিথ্যা অভিযোগে হেনস্থা করে ডেইলি স্টার।
একপর্যায়ে রাজনীতিতে নামতে চেয়েছিলেন মাহফুজ আনাম। তখন দেশের রাজনীতিতে আবির্ভাব হন ড. মোহাম্মদ ইউনূস। এক-এগারোর খালি মাঠে নতুন দল গঠনের ঘোষণা দেন। সেনাবাহিনীর সমর্থনে সুশীল সরকার প্রতিষ্ঠার সেই ষড়যন্ত্রও জনগণ ভন্ডুল করে দিয়েছিলো।
২০০৮ সালে নির্বাচনে আওয়ামী লীগের ঐতিহাসিক বিজয়ের পর পদ্মাসেতুতে বিশ্বব্যাংকের অর্থায়ন বন্ধের ষড়যন্ত্রে ড. ইউনূসের সঙ্গে সম্পৃক্ত ছিলেন তিনি। সংশ্লিষ্ট সূত্র বলছে, সেতু নির্মাণ প্রকল্পের অর্থায়ন বন্ধে বিশ্বব্যাংক কর্মকর্তাদের সঙ্গে একাধিক বৈঠক করেছেন তারা। সেতু নিয়ে একের পর এক দুর্নীতির মিথ্যা দাবি তুলে সংবাদ প্রকাশ করেছেন। যদিও শেষপর্যন্ত দুদকের অনুসন্ধানে ওইসব অভিযোগের বিন্দুমাত্র সত্যতা মেলেনি।
দুদকের সাবেক কমিশনার মোহাম্মদ সাহাবুদ্দিন চুপ্পু এক সাক্ষাতকারে পদ্মা সেতু ইস্যুতে মাহফুজ আনামের ষড়যন্ত্রের সংশ্লিষ্টতা নিশ্চিত করেন। তিনি বলেছিলেন, নির্বাচনে জিতে আওয়ামী লীগ ক্ষমতায় আসার পর থেকেই সরকার পতন ষড়যন্ত্রে লিপ্ত ছিলো মাহফুজ আনাম সিন্ডিকেট। পদ্মাসেতু সরকারের সবচেয়ে বড় প্রকল্প হওয়ায় এই সিন্ডিকেটের প্রধান উদ্দেশ্য ছিলো এই সেতুকে ইস্যু বানিয়ে আওয়ামী লীগকে প্রশ্নবিদ্ধ করে ক্ষমতাচ্যূত করা।
বাংলাদেশ ব্যাংকের সাবেক ডেপুটি গভর্নর খোন্দকার ইব্রাহিম খালেদ মৃত্যুর আগে একটি বেসরকারি টেলিভিশনকে দেয়া সাক্ষাতকারে পদ্মা সেতু নিয়ে চারজন ষড়যন্ত্রকারীর নাম উল্লেখ করেন। তাদের মধ্যে ড. মুহাম্মদ ইউনূস ও মাহফুজ আনাম অন্যতম ষড়যন্ত্রকারী বলে দাবি করেছিলেন তিনি।
